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江户川柯南與、工藤新一。
怪盜基德與、黑羽快斗。
工藤家與黑羽家的奇妙緣分，究竟是從哪裏連接起來的呢——。
距今十年前。
工藤新一還是一年級的小學生的時候。
傳聞在滿月之夜，帝丹小學圖書室裏會出現妖怪。
據説那個妖怪戴着帽子，還會發出令人毛骨悚然的鳴叫。
新一為了查明妖怪的真面目，在夜晚和蘭一起潛入學校。
調查了圖書室後，明白了妖怪的原型是被月光映照着的窗簾和從窗户縫隙吹入的風聲。
兩人正打算回家之時，坐在書架上戴着帽子的謎樣男子向他們搭話。
——我嗎？我是你的兄弟。不，應該説是你的弟弟吧。
——我只是來向你發出挑戰的。這裏面的寶藏，你能找到嗎？
——找到的話就是你贏了，寶物就奉送給你，此外還能揭穿我的真面目。
男子用刀把皮革制的錢包刺入牆壁，隨後就消失不見。
錢包裏放入了寫有暗號的紙條。
新一和蘭，同阿笠博士一起在暗號指示的場所——杯户港和鳥矢水門轉了圈。
破解了第一條，和第二條暗號後，得到第三條暗號的新一，將暗號的前半部分破譯後前往了奧穗郵局。
新一為破解暗號而奔走之時，他的母親有希子正與曾經為了扮演好角色而拜師的魔術師在咖啡廳碰面。
魔術師的名字是，黑羽盜一。
盜一得知有希子的丈夫——工藤優作無法到訪後，從懷中取出了便籤。
——如果工藤先生沒法來的話，上次有提起過，之後他會收到我朋友寄給他的信，回信請寄到這個地址……。
有希子也從包中掏出了一封信。
那是優作寫的回信。
聽説不久後會有盜一朋友的粉絲來信，優作在粉絲來信送達前事先寫好了回信，委託有希子將其帶去。
——但是、那則回信好像不能稱之為一封信……。
當有希子正欲從信封中取出卡片時，盜一喊着「等一下」制止了她的動作。
——那莫非只有一個感嘆號……對嗎？
有希子大吃一驚。
正如盜一所説，優作在卡片上留下的文字只有一個〈！〉。
看到那張卡片，盜一呵地一聲輕笑道。
——不愧是我的命名之父。
——這麼説來我的朋友也是和他一樣，只寫了一個符號而已……。
那之後過了很長時間。
被灌下毒藥後身體縮小的新一——自稱江户川柯南，再次上了以前就讀的帝丹小學。
在那裡的某天，偶然發現了。
十年前藏在圖書室書本後面的、神秘男子——很可能是工藤優作朋友的錢包。
錢包裏放着一張皺巴巴的紙。
『謝謝 一年級A班 毛利蘭』
那是十年前由蘭寫下的。
解開了三個暗號的新一他們，最後在區役所的樓頂看到了美麗的夕陽。
久違地能和新一一起度過的蘭非常高興，寫了封感謝信放進錢夾裏，為了傳達暗號已經解開了的信息，把它放進了圖書室的書架深處。
當時還是小學生的新一，以為是受優作所託的朋友給新一他們出的暗號。
為了把待在家裏只顧着悶頭看書的新一帶去室外，欣賞美麗的夕陽。
但實際上並非如此。
十年過去了，察覺到了推理錯誤的柯南，依照最後的暗號答案『OXHIDE(牛革)』，咬斷錢包的縫線，剝開了兩張合在一起的皮革。
剝開的皮革上寫的是，巨大的問號。
（親愛的優作·工藤……怪盜1412號……）
暗號原本是寫給優作的。
戴着帽子的謎樣男子——怪盜1412號料定新一解不開暗號的話，會痛哭流涕地向父親優作求助。於是把暗號託付給了新一。
（這麼説來， 上次媽媽在電話裏説到過……）
看到『No.1412』字樣的柯南，腦海中突然浮現出有希子的話。
——為基德取名的，實際就是優作喔！因為他把記者草草寫在筆記上的『1412』念成了『KID』。
（所以，那傢伙那時……）
戴着帽子的謎樣男子——怪盜基德在圖書室才會那麼説，『我是你的兄弟。不，應該説是你的弟弟吧。』
那是因為新一的父親優作是基德的命名之父，所以才把自己和新一比作兄弟——。
（可是……）
柯南重新看了看信息。
除了收信人和寄信人以外，寫着的只有格外大的問號。
（這到底有什麼深意呢？這個問號）
柯南完全解讀不出來。
如果是收到這條信息的優作本人的話，能理解其深意嗎？
怪盜基德發給優作的信——『？』。
優作給怪盜基德的回信——『！』 。
那是、世界上最短的信，只有二人才能破譯的信息。
『？』——下次你還能阻止我嗎？
『！』——啊啊、當然！
於是現在——。
黑羽快斗在自己的房間裏，正對着桌子。
在放着平板電腦的寬敞的桌子上，以函館地圖為首、五稜郭和日本刀的照片和資料等被展開。
快斗專注地看着它們。
因為要想展現華麗的魔術，需要做好謹慎的事先調查和縝密的計劃。
閲讀着大量資料的快斗，突然起身，站在掛在牆上的等身大小的展板前。那是父親黑羽盜一的肖像照。
「那麼，下一個獵物是函館嗎.……」
快斗的腦海中浮現出了變成孩子模樣的工藤新一——江户川柯南的身影。
在下次魔術秀的舞台上，那傢伙也一定不會缺席。
預感到了會與勁敵再會的快斗露出了無畏的笑容後，喃喃自語着。
「你真的能阻止我嗎？」
『啊啊、當然！』
不知從何處，彷彿傳來了柯南那勝券在握而得意的聲音。
—謎之男 完—
